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Notiziario Marketpress di
Mercoledì 22 Ottobre 2008 |
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NUOVO STUMENTO PER IL CONTROLLO QUALITÀ DELLE BANCHE DATI DELLE PROTEINE
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Bruxelles, 22 ottobre 2008 - Le banche dati pubbliche continuano a contenere geni e proteine anomali, incompleti e pronosticati male, nonostante gli sforzi fatti recentemente per migliorare la registrazione informatica dei genomi. Questi errori influiscono negativamente sull´affidabilità delle banche dati. Ora un team di ricercatori ha sviluppato un nuovo strumento che offre la possibilità per un efficiente controllo qualità delle banche dati: il "Mispred". Il lavoro, recentemente pubblicato sulla rivista ad accesso libero Bmc Bioinformatics, è stato compiuto come parte del progetto dell´Ue Biosapiens, sostenuto con un finanziamento di 12 Mio Eur nell´ambito dell´area tematica "Scienze della vita, genomica e biotecnologia per la salute" del Sesto programma quadro (6°Pq). Il team di ricerca ha dichiarato che lo strumento Mispred usa quattro "procedure" per individuare inserzioni sospettate essere anomali, incomplete o pronosticate male, sulla base logica che una sequenza sarà probabilmente sbagliata se alcuni suoi aspetti non corrispondono alla conoscenza che si possiede sui geni protein-coding e sulle proteine: (1) le proteine extracellulari o transmembrane devono possedere segnali secretivi appropriati, (2) sulla proteina deve trovarsi un segmento transmembrana con parti intra e extracellulari, (3) in un´unica proteina non devono essere presenti campi extracellulari e nucleari, (4) il numero dei residui degli aminoacidi appartenenti a membri tra loro strettamente collegati di un campo globulare familiare devono cadere in un rang elativamente stretto, e (5) una proteina deve essere codificata attraverso gli essoni collocati su un unico cromosoma. Il team è stato guidato dal professor Lásló Patthy, ricercatore all´istituto per l´enzimologia dell´Accademia delle scienze ungherese. "Studi recenti hanno dimostrato che una quantità significativa di geni eucariotici sono pronosticati male a livello della trascrizione," ha detto il professor Patthy. "Dato che le procedure del Mispred sono in grado di individuare questi errori e potrebbero aiutare nella loro correzione, riteniamo che potrebbe migliorare notevolmente la qualità dei dati della sequenza della proteina basati sulla previsione dei geni. " Il professor Patthy ha fatto notare, tuttavia, che una serie di proteine secrete potrebbero effettivamente "non possedere i segnali secretori dei peptidi perché soggetti a secrezione proteica non guidata". Il membro dell´istituto ha aggiunto, "Analogamente, attualmente non si può escludere che le chimere transcromosomiali possano essere formate e avere funzioni fisiologiche normali. Tuttavia, il fatto che l´analisi Mispred della sequenza proteica della banca dati Swiss-prot abbia individuato pochissime eccezioni di questo tipo, indica che le regole di Mispred sono valide in generale. " La ricerca ha mostrato che la maggior parte delle previsioni sbagliate avvengono a causa dell´assenza di segnali peptidici previsti e violazione dell´integrità del campo. "È interessante notare che anche una banca dati mantenuta manualmente come Uniprotkb/swiss-prot, è contaminata con proteine pronosticate male o anomali, anche se molto meno dei dati Ensembl o Gnomon," ha detto il team. Secondo loro, l´approccio Mispred offrirà ai ricercatori più tempo per effettuare ulteriori studi sui geni identificati male. Per ulteriori informazioni, visitare: Biosapiens: http://www. Biosapiens. Info/ Bmc Bioinformatics: http://www. Biomedcentral. Com/1471-2105/9/353 . |
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